關于內部控制設計原則同前面所述的內部控制原則基本一致，從內部控制設計的角度應強調以下原則：
◎相互牽制原則。相互牽制原則，是指一項完整的經濟業務活動，必須分配給具有互相制約關系的兩個或兩個以上的職位，分別完成。即在橫向關系上，至少要由彼此獨立的兩個部門或人員辦理以使該部門或人員的工作接受另一個部門或人員的檢查和制約;在縱向關系上，至少要經過互不隸屬的兩個或兩個以上的崗位和環節，以使下級受上級監督，上級受下級牽制。其理論根據是在相互牽制的關系下，幾個人發生同一錯弊而不被發現的概率，是每個人發生該項錯弊的概率的連乘積，因而將降低誤差率。需要分離的職責，主要是:授權、執行、記錄、保管、核對。
◎協調配合原則。協調配合原則，是指在各項經營管理活動中，各部門或人員必須相互配合，各崗位和環節都應協調同步，各項業務程序和辦理手續需要緊密街接，從而避免扯皮和脫節現象，減少矛盾和內耗，以保證經營管理活動的連續性和有效性。協調配合原則，是對相互牽制原則的深化和補充。貫徹這一原則，尤其要求避免只管牽制錯弊而不顧辦事效率的機械做法，而必須做到既相互牽制又相互協調，從而在保證質量提高效率的前提下完成經營任務。
◎程式定位原則。程式定位原則，是指企業單位應該根據各崗位業務性質和人員要求，相應地賦予作業任務和職責權限，規定操作規程和處理手續，明確紀律規則和檢查標準，以使職、責、權、利相結合。崗位工作程式化，要求做到事事有人管，人人有專職，辦事有標準，工作有檢查，以此定獎罰，以增加每個人的事業心和責任感，提高工作質量和效率。
◎成本效益原則。貫徹成本效益原則，即要求企業力爭以最小的控制成本取得最 大的控制效果。因此，在實行內部控制花費的成本和由此而產生的經濟效益之間要保持適當的比例，也就是說，因實行內部控制所花費的代價不能超過由此而獲得的效益，否則應舍棄該控制措施。
◎整體結構原則。企業內部控制系統，必須包括控制環境、風險評估、控制活動、信息與溝通、監督五項要素，并覆蓋各項業務和部門。換言之，各項控制要素、各業務循環或部門的子控制系統，必須有機構成為企業內部控制的整體架構。這就要求，各子系統的具體控制目標，必須對應整體控制系統的一般目標。
